Les produits biologiques sont davantage préservés des microbes que les produits traditionnels.

Du fait de l’utilisation d’engrais biologiques propres à l’agriculture bio, le risque de contamination des fruits et légumes est plus élevé que par traitement avec des engrais industriels traditionnels. De plus, du fait de la non utilisation de traitement antifongique qui empêche le développement de champignon (en particuliers les mycotoxines), la surface des aliments est plus exposée aux microbes. Des études sont en cours pour étudier les conséquences d'une telle exposition sur l'organisme.